Secrétaire exécutif des Forces démocratiques de libération du Rwanda (FDLR) depuis 2007, une milice formée par des Rwandais en exil au Congo-Kinshasa (ex-Zaïre) après le génocide de 1994 au Rwanda, Callixte Mbarushimana aurait, selon le procureur, participé à un plan visant à « persuader les gouvernements de la RDC et du Rwanda, et la communauté internationale, à abandonner l'offensive militaire en faveur d'une solution négociée en termes favorables aux FDLR ». Pour le procureur, le plan consistait, pour les FDLR, à « extorquer du Rwanda le pouvoir politique, en échange de la cessation de leurs atrocités contre les civils ». Bref, du chantage.
Concrètement, le procureur reproche au suspect d'avoir publié près de 60 communiqués de presse au cours de l'année 2009, et d'avoir donné des entretiens à des médias internationaux dans lesquels il niait les crimes pour les attribuer au régime rwandais.
L'une des difficultés majeures du procureur sera de prouver la responsabilité de Callixte Mbarushimana dans les crimes commis en 2009, alors qu'il se trouvait à Paris, où il bénéficie d'un permis de résidence valide jusqu'en décembre 2013. Par ailleurs, lors de la délivrance du mandat d'arrêt le 28 septembre 2010, la chambre avait souligné qu' « à ce stade, elle n'est pas convaincue que la contribution du suspect ait été essentielle au point que, s'il s'était abstenu, la commission des crimes tels qu'ils ont été commis en aurait été empêché ».
Selon l'accusation, Callixte Mbarushimana a planifié les crimes avec le président des FDLR, Ignace Murwanyashyaka, et le général Sylvestre Mudacumura, commandant de la milice sur le terrain, en République démocratique du Congo. Arrêté en Allemagne, en novembre 2009, Ignace Murwanashyaka est actuellement en procès.
Originaire de la province de Ruhengeri (nord du Rwanda), Callixte Mbarushimana travaillait pour le PNUD au moment du génocide rwandais, en 1994. Le Tribunal pénal international pour le Rwanda (TPIR) avait ouvert une enquête contre lui, mais conclu au non-lieu en 2002.
Après le génocide, M. Mbarushimana avait rejoint l'Angola, toujours pour les Nations unies, puis le Kosovo, où il avait été une première fois rattrapé par la justice. Les juges internationaux du Kosovo avaient refusé d'extrader le suspect au Rwanda, où il risquait la peine de mort. Callixte Mbarushimana s'était ensuite réfugié en France. En septembre 2010, une information judiciaire a été ouverte par le parquet de Paris, suite au dépôt d'une plainte par le Collectif des parties civiles pour le Rwanda (CPCR) pour sa participation présumée dans le génocide de 1994.
Arrêté le 11 octobre 2010 en France, il avait été transféré à la prison de la CPI aux Pays-Bas en janvier 2011.
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