Elle est le seul membre du gouvernement intérimaire de l'époque à être jugé par un tribunal rwandais pour son rôle présumé dans le génocide de 1994. Quatorze ministres de ce gouvernement ont été inculpés et sont détenus par le Tribunal pénal international pour le Rwanda (TPIR). Huit ont déja été jugés dont deux qui ont été acquittés.
A Kigali, le procureur, M. Emmanuel Nsengiyumva, a requis la même peine à l'encontre du co-accusé de l'ex-ministre, l'ancien substitut du procureur, Jean-Léonard Hategekimana, selon l'AFP. Ntamabyariro, de père hutu et de mère tutsi, est notamment accusée d'avoir planifié le génocide et incité au génocide. Selon le procureur, elle aurait, avec la complicité de Hategekimana, commandité l'assassinat de l'ancien préfet de Butare (sud), Jean Baptiste Habyarimana, un tutsi qui s'était opposé au génocide dans sa préfecture.
Défendue par le bâtonnier du Rwanda, Me Gatera Gashabana, l'ex-ministre a une nouvelle fois clamé son innocence devant le tribunal de grande instance de Nyarugenge, dans la ville de Kigali. Les débats contradictoires se sont achevés le 6 novembre.
En août 2006, elle était venue témoigner devant le TPIR pour la défense d'un autre ex-ministre du gouvernement en place pendant le génocide. A la fin de son témoignage elle avait vainement demandé au TPIR, basé à Arusha dans le nord de la Tanzanie, de l'aider à ne pas rentrer au Rwanda.
Selon l'acte d'accusation, elle est poursuivie pour « planification du génocide, réunions de planification et d'organisation du génocide à Nyanza et Kibuye, sa préfecture d'origine, campagnes de distribution d'armes, l'assassinat de Jean Baptiste Habyarimana, alors préfet de Butare, et du filleul de son mari». Le 4 novembre dernier, l'accusée a eu à se défendre de nouveaux éléments versés dans son dossier faisant état de « son rôle de spectateur approbateur pendant le génocide et d'initiateur du ‘gouvernement du génocide' ».
Selon le procureur, elle a notamment participé, le 8 avril 1994, à la réunion du Comité de crise tenue à l'Ecole Supérieure Militaire et présidée par Théoneste Bagosora, accusé devant le TPIR. Entre autres participants, il y avait le général Augustin Ndindiliyimana, le colonel Tharcisse Renzaho, le Premier ministre Jean Kambanda et le président Théodore Sindikubwabo, a-t-il encore précisé.
Selon le procureur, le 16 avril 1994, 2 jours après le déclenchement des massacres de Bisesero (ouest), elle aurait dit, en compagnie du président Sindikubwabo : « Nous sommes venus vous transmettre le message de remerciement du gouvernement : vous avez refusé d'être ‘cela ne me regarde pas' ! ».
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