Si la cour a condamné Ntawukulilyayo, la décision n'a pas été prise à l'unanimité des juges. Les juges Khalida Rachid Khan et Lee Muthoga ont estimé que l'accusé était coupable des massacres de Tutsis réfugiés sur la colline de Kabuye, dans l'est du Rwanda. Ils n'ont en revanche pas retenu les charges de complicité de génocide et incitation à commettre le génocide. Mais le juge turc Aydin Akay a émis une opinion dissidente, affirmant qu'il ne pouvait pas approuver la condamnation en raison de témoignages contradictoires des témoins de l'accusation.
Ntawukulilyayo, dont le procès a débuté le 6 mai 2009, fut tour à tour instituteur, inspecteur d'écoles primaires, député, sous-préfet. A la débâcle des Forces armées rwandaises (FAR) en juillet 1994, il a entamé un exil qui l'a finalement conduit à Carcassone, dans l'ouest de la France, où il a arrêté le 16 octobre 2007. Après avoir vainement bataillé contre son extradition, il a été transféré à Arusha le 5 juin 2008.
Son procès s'est ouvert le 6 mai 2009. L'accusation a cité 12 témoins en moins de trois semaines. La défense a commencé a entendre ses 23 témoins le 29 septembre 2009, clôturant le défilé des témoignages à décharge le 18 décembre de la même année.
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