L'appel de la défense a été rejeté. Il réclamait l'acquittement en raison de contradictions dans les témoignages de l'accusation à propos des deux massacres.
L'officier, aujourd'hui âgé de 62 ans, était directeur des Affaires juridiques au ministère de la Défense en 1994. Il avait été reconnu coupable de génocide, extermination (crime contre l'humanité) et atteinte à la vie (crime de guerre) le 25 février 2010, en particulier pour son rôle dans les massacres de 50 réfugiés tutsis au camp militaire de Mukamira (préfecture de Ruhengeri) le 25 avril et le 11 mai 1994.
La cour d'appel a estimé que dans le cadre du massacre du 11 mai, Ephrem Setako aurait du être également condamné pour « assassinat », ce qui n'avait pas été le cas en première instance. Le juge Fausto Pocar a émis une opinion dissidente sur ce point précis.
Né en 1949 à Nkuli, dans la préfecture de Ruhengeri, Setako a été arrêté le 25 février 2004 aux Pays-Bas et transféré en novembre de la même année au centre de détention des Nations Unies à Arusha.
Son procès s'est ouvert le 25 août 2008 et s'est achevé le 26 juin 2009.
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