Il est présenté par l'accusation comme le principal instigateur du génocide dans cette préfecture du centre du Rwanda, en particulier dans sa commune natale de Nyabikenke, limitrophe de la préfecture de Ruhengeri.
Avant 1990, Nzabonimana était membre du Mouvement Révolutionnaire National pour le Développement (MRND) créé par le président Juvénal Habyarimana en 1975, deux ans après le coup d'Etat du 5 juillet 1973 qui renversa Grégoire Kayibanda.
Le régime exerce alors un pouvoir autoritaire. La devise patriotique prône que « tous les Rwandais naissent et meurent membres du parti-Etat, seul et unique navire conduisant les Rwandais vers le développement », avec pour maître à bord, le général Habyarimana, président de la République, président-fondateur du MRND, chef du gouvernement, ministre de la Défense, chef d'Etat-major de l'armée et de la gendarmerie.
En 1990, au lendemain de la chute du mur de Berlin, des intellectuels, surtout du sud, commencent à réclamer l'introduction du multipartisme. Cette pression s'intensifie à partir du 1er octobre 1990, avec l'invasion du pays par les rebelles du Front patriotique rwandais (FPR), majoritairement tutsi. Les combattants du FPR sont commandés par l'actuel chef de l'Etat, le général Paul Kagame, qui a grandi en exil en Ouganda.
Sous la pression, le président Habyarimana légalise le multipartisme en juin 1991. Dans la préfecture de Gitarama, les gens quittent massivement le parti présidentiel pour rejoindre les rangs du Mouvement démocratique républicain (MDR), le parti de Grégoire Kayibanda qui avait été interdit dès le coup d'Etat du 5 juillet 1973.
Nzabonimana fait partie des rares personnalités de sa région qui restent membres du MRND, rebaptisé Mouvement Républicain National pour la Démocratie et le Développement.
En avril 1992, un gouvernement de coalition dirigé par un Premier ministre issu de l'opposition est mis en place et se met en devoir de négocier avec les rebelles du FPR. L'enjeu des discussions est la représentation de cette nouvelle force au sein du gouvernement et du parlement ainsi que dans les rangs de l'armée et de la gendarmerie.
Au terme de négociations à Arusha (Tanzanie) qui auront duré une année, un accord de paix est signé le 4 août 1993. Le texte prévoit la fusion des forces belligérantes ainsi que la participation du FPR au gouvernement et à l'Assemblée nationale de transition, dans la perspective d'élections générales dans un délai ne dépassant pas 22 mois.
Pour accompagner le processus de paix, les deux belligérants demandent, et obtiennent du Conseil de Sécurité des Nations Unies, l'envoi d'une force internationale. La force prendra le nom de Mission des Nations Unies pour l'assistance au Rwanda (MINUAR). Début 1994, la force, placée sous le commandement du général canadien Roméo Dallaire, compte 2.500 hommes, dont un important contingent belge.
Mais en dépit des efforts déployés par la MINUAR auprès de deux parties, « le gouvernement de transition à base élargie » (GTBE) prévu par Arusha ne parvient pas à se mettre en place.
Le 6 avril 1994, le président Habyarimana est tué. Cet assassinat est considéré comme l'événement déclencheur du génocide. Plusieurs personnalités hutues membres du MRND, parmi lesquelles Nzabonimana, se réfugient pendant quelques jours dans les locaux de l'ambassade de France alors que des combats à l'arme lourde paralysent la capitale Kigali.
Le 9 avril 1994, un gouvernement intérimaire -exclusivement hutu- prête serment. Nzabonimana y exerce les fonctions de ministre de la Jeunesse et du mouvement associatif.
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Agence Hirondelle