La chambre de première instance une du TPIR l'a déclaré coupable de génocide, entente en vue de commettre le génocide, incitation directe et publique à commettre le génocide et crimes contre l'humanité (assassinats, extermination et autres actes inhumains).
La chambre l'a en revanche déclaré non coupable de complicité dans le génocide, de crime contre l'humanité (viol) et de crimes de guerre.
Elizer Niytegeka a été jugé responsable de massacres de Tutsis et autres violations du droit international humanitaire commis dans la région de Bisesero (province Kibuye, ouest du Rwanda).
Dans son jugement, la chambre a estimé que les crimes commis sont "D'une nature haineuse". Les juges, à l'unanimité, ont considéré comme circonstance aggravante le fait que l'accusé était ministre et que "au lieu de promouvoir la paix, il s'est tourné vers la violence en incitant et en participant aux massacres contre des civils".
Le Tribunal lui a reconnu des circonstances atténuantes mais a estimé "que les circonstances aggravantes l'emportent largement sur les circonstances atténuantes".
Parmi les circonstances atténuantes, la chambre a retenu le fait que Niyitegeka avait sauvé des Hutus comme des Tutsis pendant le génocide, ainsi que sa bonne moralité avant 1994. La chambre a également noté qu'avant 1994, il avait prôné la démocratie et condamné la discrimination ethnique.
La chambre a toutefois conclu que l'accusé a été volontairement ministre dans le gouvernement intérimaire, qu'il a soutenu les actions du premier ministre Jean Kambanda, qui a plaidé coupable de génocide devant le TPIR en 1998, et qu'il a incité les miliciens Interahamwe à tuer les civils Tutsis.
Eliézer Niyitegeka a été également reconnu personnellement coupable D'assassinats, dont ceux perpétrés contre un Tutsi nommé Kabanda, tué puis décapité et castré, et contre une femme dont le nom n'a pas été précisé. Après son assassinat, Niyitegeka a ordonné aux miliciens Interahamwe de couper un bout de bois et de l'introduire dans les parties génitales de la
femme, qu'ils ont ensuite laissée sur la route.
Commencé le 17 juin 2002, le procès Niyitegeka était en délibéré depuis le 28 février 2003. C'est l'un des plus rapides que le TPIR ait jamais mené. Il s'est déroulé devant la première chambre de première instance présidée par la juge sud-africaine Navanethem Pillay et comprenant en outre les juges norvégien Erik Mose et sénégalaise Andrésie Vaz.
Eliézer Niyitegeka est défendu par deux avocats irlandais, Me Sylvie Geraghty et Me Feargal Kavanag. Le parquet est, quant à lui, représenté par l'Américaine Melinda Pollard. Le parquet a cité treize témoins dans ce procès, la défense onze. Eliézer Niyitegeka avait plaidé non coupable.
AT/CE/GF/FH (NI'0515A)