Il a été reconnu coupable notamment « de distribution d'armes, participation à toutes les expéditions qui ont tué les tutsi à Cyivugiza, de présidence du comité de crise qui supervisait le génocide, de pillage et destruction des biens des tutsi et du listing des personnes à tuer », a précisé le président de la juridiction. Il a en outre été frappé de « dégradation civique »en vertu de l'article 76 de la loi organique sur les juridictions gacaca, et ne bénéficiera pas des travaux d'intérêt général comme peine alternative à l'emprisonnement.
Cité comme témoin de l'accusation, un ex-conseiller du même secteur a reconnu avoir reçu de l'ancien préfet de la Ville de Kigali, le colonel Tharcisse Renzaho, des fusils à distribuer dans toutes les cellules de Nyamiranbo notamment à Ndabagumije lui-même. Ce témoin, Monsieur Célestin Sezibera, classé dans la 1ère catégorie des planificateurs du génocide, est détenu à la prison centrale de Kigali dans l'attente de son procès.
Selon plusieurs témoins de l'accusation, tous détenus Ndabagumije, originaire de l'ancienne préfecture de Ruhengeri, considérée comme fief du régime du Président Habyarimana, est actuellement à Masisi dans l'Est de la République Démocratique du Congo dans les forces du Forces démocratiques de libération du Rwanda (FDLR)»
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