Premier substitut du Procureur dans l'ancienne préfecture de Gitarama pendant le génocide, il est accusé « de complicité dans l'assassinat du Préfet de Butare, Jean Baptiste Habyarimana et d'un jeune homme à Ruvumera, d'avoir supervisé les barrières où les tutsis étaient arrêtés et tués et d'avoir distribué des fusils". Selon Hategekimana, cette accusation est due au fait qu'il est "mukiga" (originaire de la région du président Habyariama au nord du Rwanda). »
« Il assurait l'intérim du procureur pendant le génocide, il s'est présenté à la prison de Gitarama avec un mandat d'élargissement, signé Agnès Ntamabyariro, ministre de la justice. Il était avec le directeur général, Charles Ntagozera » a expliqué à la chambre Me Ferdinand Mbera, principal témoin de l'accusation qui était présent lors des faits. Cédant aux pressions des deux envoyés du gouvernement intérimaire, le directeur a relâché le prisonnier qui a été abattu à quelques mètres de la prison, a expliqué Mbera, citant le directeur de la prison.
« C'est Léonard Hategekimana qui m'a remis le fusil que j'ai utilisé et c'est lui-même qui a porté le mandat d'élargissement de Habyarimana à la prison », affirme Phanuel Nsengiyumva, détenu pour génocide et qui faisait office de secrétaire du parquet avant et pendant le génocide.
En 2005, lors de la phase de collecte d'information pour les gacacas en 2005 au stade de Gitarama, Léonard Hategekimana avait reconnu la distribution de trois fusils et une expédition à Ruvumera au cours de laquelle 2 personnes avaient été abattues, indique Me Mbera, qui a servi comme procureur à Gitarama après 1994.
« Il est libre maintenant. Pour le moment, il est cité seulement comme complice de Ntamabyariro dans l'assassinat du préfet de Butare. Ce n'est que quand il sera reconnu coupable qu'il sera arrêté », a déclaré M. Emmanuel Nsengiyumva, Procureur au Tribunal de Grande Instance de Nyarugenge, qui conduit l'accusation dans le procès Ntamabyariro.
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