Bagosora est jugé avec l'ancien chef des opérations militaires à l'Etat-major de l'armée, le général Gratien Kabiligi, l'ancien commandant du secteur Gisenyi (nord), le lieutenant-colonel Anatole Nsengiyumva et l'ex- commandant du bataillon paracommando, le major Aloys Ntabakuze. Leur procès a commencé en avril 2002 et le jugement est en délibéré depuis juin 2007.
Jugés pour crimes de génocide, crimes contre l'humanité et crimes de guerre, les quatre accusés, plaident non coupables.
Dans son réquisitoire le 28 mai 2007, le procureur en chef du TPIR, Hassan Bubacar Jallow, avait appelé les juges à « déclarer les accusés coupables des crimes portés contre eux ». « Ils ont préparé, planifié, ordonné, dirigé, incité, encouragé et approuvé le meurtre de civils tutsis innocents, des hommes, des femmes, des enfants et d'autres considérés comme des complices », avait soutenu Jallow. S'en prenant particulièrement à Bagosora, il l'avait également accusé d'avoir commandité l'assassinat des 10 Casques bleus belges, dans le but, selon lui, de provoquer le retrait de la force des Nations Unies, pour laisser le champ libre à la machine à tuer.
S'exprimant le 1er juin 2007, Bagosora avait demandé à ses juges de le « réhabiliter », affirmant être « victime d'une campagne ignoble » menée par l'ex-rébellion du Front patriotique rwandais (FPR) actuellement au pouvoir.
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