Les débats ont été ouverts par la défense de Ndindiliyimana qui était chef d’état-major de la gendarmerie pendant le génocide des Tutsis 1994. Contrairement aux trois autres, il comparaît libre, car la chambre de première instance l’a condamné, le 17 mai 2011, à une peine équivalant à la durée de sa détention préventive. Ses avocats ont demandé aux juges d’appel de prononcer son acquittement. « Il n’avait pas le contrôle effectif de la gendarmerie » qui était allée renforcer l’armée au front, a plaidé Maître Vincent Lurquin. Le général Ndindiliyimana a été reconnu coupable de génocide, crimes contre l’humanité et crimes de guerre, pour des exactions commises par des gendarmes dans un quartier de Kigali et à une église dans la préfecture méridionale de Butare. « Le général Ndindiliyimana manquait cruellement de moyens. Ses forces étaient infiltrées par des éléments incontrôlés », a poursuivi l’avocat belge. « Il était lui- même menacé. Il a prouvé qu’il s’opposait au génocide et, à cause de cela, il a été démis de ses fonctions le 5 juin 1994 », a affirmé Me Lurquin, soulignant que son client était en conflit avec le gouvernement d’alors.
Dans sa réponse, le procureur Abdoulaye Seye a appelé la chambre d’appel à « rejeter le recours de Ndindiliyimana dans son intégralité ». « Il avait connaissance des crimes commis par ses subordonnés au collège Saint-André (Kigali) et à la paroisse de Kansi (Butare). Il savait ou avait des raisons de savoir cela mais il n’a rien fait », a soutenu M. Seye.
La parole a été ensuite donnée à la défense du général Bizimungu qui était chef d’état-major de l’armée. Le général a été condamné à 30 ans de prison, en première instance pour des crimes commis par des militaires à travers le pays, mais aussi pour un discours qu’il aurait prononcé le 7 avril 1994 dans la commune Mukingo (préfecture de Ruhengeri, Nord). Selon les premiers juges, ce discours a été suivi de l'assassinat de plusieurs rwandais d'origine tutsie dans la localité voisine de Rwankeri. Maître Gilles St-Laurent, l’avocat principal de Bizimungu, a soutenu que son client n’exerçait de contrôle de fait que sur les officiers sous sa responsabilité directe et non sur chaque membre de l’armée rwandaise. Par ailleurs, a poursuivi l’avocat canadien, « il y avait des déserteurs qui partaient avec armes et uniforme ; Bizimungu ne pouvait pas les contrôler ». Concernant le discours, l’avocat a affirmé qu’il s’agissait d’une pure invention. « Vous avez tout ce qu’il faut pour acquitter le général Bizimungu », a conclu Me St-Laurent.
La chambre d’appel doit encore entendre, jusqu’à vendredi, les arguments du major François-Xavier Nzuwonemeye qui commandait le bataillon de reconnaissance et ceux du capitaine Innocent Sagahutu qui était commandant d’un escadron au sein de cette unité d’élite. Ils sont été condamnés chacun à 20 ans de réclusion.
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