Le début de ce procès a été reporté plusieurs fois, en raison notamment de la recomposition de l'équipe de défense.
Poursuivi pour crimes de génocide et crimes contre l'humanité, ce brillant universitaire qui clame son innocence, est notamment accusé d'avoir utilisé des fonds publics pour financer les activités des miliciens Interahamwe, principaux bras armés du génocide.
Selon l'acte d'accusation, il aurait, lors d'un discours tenu en mars 1994 dans sa région natale de Gisenyi (nord), déclaré que « l'ennemi de ce pays est le Tutsi ». Ces propos auraient été rediffusés le lendemain sur les ondes de la Radio libre des mille collines (RTLM), connue pour ses appels à la haine contre les Tutsis et dont deux des fondateurs ont été condamnés par le TPIR.
Le procureur allègue par ailleurs que Ngirabatware « a acheminé vers le MRND (Mouvement républicain national pour la démocratie et le développement, du président Juvénal Habyarimana) des fonds de son département » utilisés, ensuite, pour l'achat d'armes aux Interahamwe.
L'acte d'accusation insiste sur sa filiation avec le richissime homme d'affaires Félicien Kabuga, toujours recherché par le TPIR.
Selon le Tanzanien Wallace Kapaya, qui conduira l'équipe de l'accusation dans l'affaire, 17 témoins viendront soutenir ces allégations.
Arrêté en Allemagne le 17 septembre 2007, l'ex-ministre se trouve entre les mains du TPIR depuis le 08 octobre 2008.
Docteur en sciences économiques de l'Université de Fribourg (Suisse), Ngirabatware a été, dans son pays, enseignant à l'Université Nationale du Rwanda (1986-1994), puis ministre du Plan (1990-1994).
Après son départ en exil en juillet 1994, il a travaillé dans différents instituts de recherche au Gabon et en France.
Il sera jugé par une chambre présidée par le Tanzanien William Hussein Sekule.
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