Le tribunal populaire gacaca de Kayumba, dans le district de Nyamata (Province de l'Est) a conclu que l'adjudant-chef, aujourd'hui âgé de 51 ans, avait ordonné à ses hommes d'encercler l'église de Nyamata et de massacrer près de 5.000 Tutsis qui se trouvaient à l'intérieur de l'édifice religieux.
Il a également été reconnu coupable de complicité dans le massacre de milliers de Tutsis à l'église de Ntarama, dans la même région.
Après la déroute des troupes gouvernementales en juillet 1994, Musabyimana s'était réfugié dans l'est de l'ex-Zaïre (actuelle République démocratique du Congo), avant de rentrer au Rwanda une année plus tard. Intégré par la suite au sein de la nouvelle armée rwandaise, il travaillait, depuis, au service du personnel à l'Etat-major.
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