Au moment des faits allégués par l'accusation, Habyarabatuma était commandant de la gendarmerie pour la préfecture de Butare (sud).
L'ancien gendarme, qui avait intégré la nouvelle police rwandaise après le génocide, est notamment accusé d'avoir organisé le massacre des Tutsis en plusieurs endroits de la préfecture, notamment à la paroisse Cyahinda. Il aurait par ailleurs distribué des armes à des réfugiés hutus burundais ayant participé aux massacres de Tutsis au Rwanda.
Le ministère public a requis la réclusion criminelle à perpétuité le 7 mai tandis que la défense a demandé l'acquittement.
Pour sa défense, Habyarabatuma a cité plusieurs témoins dont l'actuel ministre des Réfugiés et de la gestion des catastrophes, le général Marcel Gatsinzi, et un membre de la Commission nationale de démobilisation et de réintégration des anciens combattants, le général Paul Rwarakabije. Ils ont affirmé que l'accusé était considéré par le pouvoir de l'époque comme un complice des rebelles tutsis du Front patriotique rwandais (FPR), alors en guerre contre l'armée gouvernementale.
En 1994, les deux généraux appartenaient, comme l'accusé, aux Forces armées rwandaises (FAR).
Habyarabatuma a été arrêté en 2004.
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