Les deux généraux ont été reconnus coupables de génocide, crimes contre l'humanité et crimes de guerre, pour des actes de leurs subordonnés pendant le génocide des Tutsis de 1994.
Dans le cas Ndindiliyimana, le tribunal n'a retenu aucune forme de responsabilité directe. La chambre, présidée par le juge sri-lankais Joseph Asoka de Silva, a retenu des circonstances atténuantes, jugeant que l'ancien officier n'exerçait qu' « une autorité limitée sur la gendarmerie » après le 6 avril 1994, qu'il s'était opposé aux massacres et soutenait une résolution pacifique du conflit dans son pays. Ndindiliyimana a été condamné « à une peine équivalant au temps passé en détention depuis son arrestation ».
Dans le cas Bizimungu, la chambre a par ailleurs conclu que l'ancien général avait lancé un appel au massacre lors d'un discours prononcé le 7 avril 1994 dans la commune Mukingo (préfecture de Ruhengeri, nord), qui serait à l'origine de l'assassinat de plusieurs rwandais d'origine tutsie dans la localité voisine de Rwankeri.
Les autres accusés, le major François-Xavier Nzuwonemeye qui commandait le bataillon de reconnaissance et le capitaine Innocent Sagahutu qui commandait un escadron de cette unité d'élite, ont été condamnés à 20 ans de prison.
La chambre les a reconnus coupables de crimes contre l'humanité et de crimes de guerre, pour avoir notamment ordonné l'assassinat du Premier ministre Agathe Uwilingiyimana. Par ailleurs, la chambre leur reproche de n'avoir aucune mesure pour punir les éléments de leur bataillon ayant participé aux meurtres des parachutistes belges.
A l'issue de l'audience, le général Ndindiliyimana s'est déclaré « très heureux » de recouvrer sa liberté « après 11 ans de prison ». Son avocat canadien Christopher Black maintient toutefois que son client aurait dû être acquitté.
Les défenseurs des deux autres condamnés ont annoncé leur intention de faire appel.
Le procureur du TPIR, Hassan Bubacar Jallow, s'est dit « satisfait » que le tribunal ait retenu la responsabilité de supérieur hiérarchique pour chacun des accusés. Il a, en revanche, estimé que les peines ne reflétaient pas la gravité des crimes. Le procureur a ajouté qu'il se prononcerait sur la décision de faire appel après la lecture intégrale du jugement.
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