Pour André Tremblay, l'avocat principal de l'accusé, « la preuve présentée par l'accusation était trop faible pour convaincre de sa culpabilité, et l'accusé n'a pas eu suffisamment d'information sur les crimes pour lesquels il a été condamné ». Il a ajouté que la chambre devait prendre en compte le fait que l'accusé avait été condamné « pour des faits pour lesquels il n'était pas poursuivi ». Ce que le procureur a contesté.
Ex-commandant de l'unique bataillon para-commando du Rwanda en 1994, Ntabakuze a été condamné en première instance à la prison à vie pour génocide, crimes contre l'humanité et crimes de guerre, essentiellement pour sa responsabilité de supérieur hiérarchique dans des crimes commis par ses hommes à Kabeza, sur la colline de Nyanza et à L'institut Africain et Mauricien de Statistiques et d"EconomieAppliquée (IAMSEA).
Jugé dans le procès groupé dit « Militaires I », au côté du colonel Bagosora et du lieutenant-colonel Aloys Nsengiyumva, Ntabakuze a bénéficié pour son procès en appel d'une disjonction d'instance, son avocat, l'Américain Peter Erlinder, ayant renoncé à venir le défendre à Arusha par peur pour sa propre sécurité.
Bagosora et Nsengiyumva ont été entendus en appel le 30 mars 2011.
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