Le Malawi a pourtant ratifié le traité de Rome établissant la Cour, en septembre 2002 et a l'obligation de coopérer avec elle.
Avant le déplacement d'Omar el-Béchir, la chef de la diplomatie européenne, Catherine Ashton, avait « exhorté le Malawi à respecter ses obligations » et à arrêter le président soudanais.
Dans un communiqué, le directeur de campagne d'Amnesty International, Marek Marczynski, a estimé que « la réticence à soutenir la CPI dont fait preuve publiquement le président [du Malawi] Bingu wa Mutharika, n'est pas acceptable ».
Depuis l'émission des mandats d'arrêt, le président soudanais a effectué de nombreuses visites à l'étranger, sur le territoire de plusieurs Etats parties à la Cour, mais il n'a jamais été inquiété. La Ligue arabe et l'Union africaine (UA) s'opposent à l'exécution de ces mandats.
Les 7 et 8 août notamment, le président soudanais s'était rendu au Tchad pour assister à la cérémonie d'investiture du président réélu, Idriss Deby. La Cour avait demandé au Tchad de s'expliquer, dans le cadre d'une procédure préalable à toute action devant le Conseil de sécurité des Nations unies.
Dans un courrier adressé à la Cour, le 29 septembre, le Tchad rappelle que l'Union africaine a pris la décision de ne pas coopérer avec la Cour concernant le cas Béchir et affirme qu'en tant que membre de l'organisation continentale, Ndjamena doit se plier à ses décisions. Elle considère que dès lors, la Cour n'a pas à informer le Conseil de sécurité de la situation.
Par le passé, les juges de la CPI ont, à plusieurs reprises, demandé à New York de prendre des dispositions concernant ces défauts de coopération. Mais à ce jour, la juridiction n'a reçu aucune réponse de l'Onu, alors que c'est le Conseil de sécurité qui, le 31 mars 2005, avait saisi la Cour des crimes commis au Darfour.
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