Il plaide non coupable.
Son procès a commencé le 17 juin 2002 devant la première chambre de première instance présidée par la juge sud-africaine Navanethem Pillay et composée en outre des juges norvégien Erik Mose et sénégalaise Andrésie Vaz.
Le parquet a cité douze témoins dans cette affaire, la défense onze. Eliézer Niyitegeka est défendu par les Irlandais Me Sylvie Geraghty et Me Feargal Kavanag. Le parquet a été représenté par l'Australien Kenneth Fleming et l'Américaine Melinda Pollard. Ce procès a été le plus rapide jamais mené au
TPIR.
Eliézer Niyitegeka a été arrêté au Kenya le 9 février 1999. Son procès est le quatrième au TPIR concernant la province de Kibuye après celui, conjoint,
de l'ancien préfet Clément Kayishema et de l'homme D'affaires Obed Ruzindana, celui de l'ex-directeur D'une usine à thé Alfred Musema, le procès conjoint du pasteur Elizaphan Ntakirutimana et de son fils Gérard Ntakirutimana, et celui de l'ancien maire Ignace Bagilishema.
Les accusés ont été condamnés à des peines allant de la réclusion criminelle à perpétuité à dix ans de prison, à l'exception D'Ignace Bagilishema qui a
été acquitté.
Plusieurs autres suspects de crimes commis à Kibuye ont été inculpés par le TPIR. Il s'agit de l'ancien ministre des finances, Emmanuel Ndindabahizi,
les conseillers municipaux Vincent Rutaganira et Mika Muhimana, les anciens maires Aloys Ndimbati et Charles Sikubwabo et un directeur de restaurant
connu sous le seul nom de Ryandikayo. Les trois derniers sont encore en fuite.
AT/CE/GF/FH(NI'0226A)