Il a engagé depuis lors une bataille juridique contre son extradition jusqu'à ce qu'il soit debouté par le Tribunal fédéral.
Emmanuel Rukundo est le premier religieux catholique à être arrêté par le TPIR. Un autre prêtre rwandais, Athanase Seromba, a été néanmoins inculpé. Le procureur a demandé à l'Italie de procéder à son arrestation, mais Rome a répondu que ce serait contraire à sa législation. Le TPIR détient par contre un pasteur adventiste, dont le procès s'est ouvert cette semaine, et un évêque anglican, qui, lui, attend D'être jugé.
Emmanuel Rukundo a été arrêté le même jour que l'artiste Simon Bikindi qui résidait aux Pays Bas et l'ancien ministre des finances sous le gouvernement intérimaire, Emmanuel Ndindabahizi, qui vivait en Belgique. Ces derniers n'ont pas encore été transférés à Arusha.
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