Les six hommes ont cependant été maintenus en détention, le procureur ayant annoncé son intention de se pourvoir en cassation.
Trois d'entre eux, Emile Manisha, chef de la police nationale au moment des faits, le Colonel Gérard Ntunzwenayo alias Mivuba, qui était alors Directeur général adjoint du service des Renseignements et le commandant Aloys Bizimana qui commandait la brigade de Kiyange avaient été condamnés en appel à la peine capitale. Les trois autres, Japhet Ndayegamiye, chef du service des renseignements dans la capitale, Expert Bihumugani responsable d'une société de gardiennage qui surveillait la résidence du Dr Malan et Athanase Bizindavyi ancien directeur adjoint de la prison centrale, avaient été condamnés à 20 ans de prison.
Lors du précédent procès devant la Cour d'appel de Bujumbura, Me Bernard Maingain, avocat d'une partie civile, avait accusé l'ancien président du Burundi, Pierre Buyoya, d'avoir commandité cet assassinat. Mr Buyoya a par la suite porté plainte contre cet avocat, de nationalité belge. A l'issue de l'audience, l'avocat a affirmé qu'il était convaincu de sa position. "La partie civile va continuer son combat pour un Etat de droit pour qu'en cette affaire, la position qu'elle a exprimé reçoit sa consécration par voie judiciare parce qu'un arrêt ne signifie pas que le dernier mot est dit concernant la procédure en cours », a déclaré Me Maingain.
Malgré cette décision d'acquittement, le ministère public qui les a mis en accusation en octobre 2003, sans parvenir à établir clairement leur complicité ni leurs mobiles, a décidé leur maintien en détention. Le Procureur général de la République, M. Elysée Ndaye, a dit son intention de se pourvoir en cassation. Evoquant l'article 99 de la loi sur la Cour Suprême, il a affirmé que la décision de la Cour n'est pas exécutoire. Pour l'un des avocats des accusés, Me Marc Birihanyuma cette argumentation "est totalement erronée, la loi sur la Cour Suprême ne permet jamais qu'une personne acquittée au degré d'appel puisse comparaître détenue en cassation».
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